Andonis Foniadakis erhielt seine tänzerische Ausbildung an der National School of Dance in Athen sowie an der Rudra Béjart School in Lausanne. 1994 schloss er sein Studium ab und tanzte zunächst in Stücken von Béjart und choreografierte auch erste eigene Werke für das Béjart Ballet. Auf ein weiteres Engagement als Tänzer am Ballet de l’Opéra de Lyon folgte im Jahr 2003 die Gründung seiner eigene Tanzkompanie Apotosoma. Seither entstanden zudem eigene choreografische Arbeiten u. a. für Aterballetto, die Sydney Dance Company, das Genfer Ballett, die Benjamin Millepieds Dance Company, das Ballet de l’Opéra de Lyon sowie die National Dance Company of Wales.
2012 wurde er mit dem Danza & Danza Award für die beste Choreografie ausgezeichnet. Für seine Kreation Les Noces beim Ballett der Opera di Firenze erhielt er den Maggio Danza. 2016 übernahm er für zwei Spielzeiten die Leitung des Griechischen Nationalballetts.
Für Ballett Graz choreographiert er in der Spielzeit 2023/24 Bach Variations.