Marius Burkert studierte Dirigieren an der Universität für Musik und darstellende Kunst seiner Heimatstadt Wien. Nach Engagements am Tiroler Landestheater, an der Oper Graz und an der Staatsoper Hannover folgten Dirigate u. a. an der Wiener Kammeroper, am Staatstheater Karlsruhe, am Stadttheater Klagenfurt, an der Wiener Volksoper, an der Bühne Baden, dem Teatro Comunale in Bozen und an der Staatsoper Budapest, sowie u. a. beim Radio-Symphonieorchester Wien, dem Philharmonischen Orchester Oradea, dem Lettischen Nationalorchester Riga, dem Orchestra Sinfonica Siciliana Palermo, dem Orchester des Teatro Massimo Bellini in Catania und beim Tonkünstlerorchester Niederösterreich.
Seit 2007 ist Marius Burkert Kapellmeister an der Oper Graz und seit 2004 Chefdirigent des Lehár Festivals Bad Ischl. In beiden Funktionen leitete er bisher über 40 Premieren und unzählige Repertoirevorstellungen von u. a. Le nozze di Figaro, Don Giovanni, La Bohème, Die verkaufte Braut, Die Fledermaus, Die lustige Witwe, Die Csárdásfürstin, Der Vogelhändler, Madama Butterfly, Lucia di Lammermoor, Fidelio, Der Freischütz, Die Liebe zu den drei Orangen, West Side Story, Rusalka, Faust, Hänsel und Gretel, Carmen, Roméo et Juliette, Manon, Ariane et Barbe-Bleue, La Rondine, Schwanda der Dudelsackpfeifer, Erwartung, Herzog Blaubarts Burg, Der ferne Klang, Martha, Cavalleria rusticana – Pagliacci, Tosca, Turandot, Lohengrin, Salome, etc.
Einige Operettenraritäten sind unter seiner musikalischen Leitung bei cpo als Ersteinspielungen erschienen, wie etwa Gasparone, Wo die Lerche singt, Die Kaiserin, Die ungarische Hochzeit, Der Opernball, Die Juxheirat, Kaiserin Josephine, Wiener Frauen, Clo Clo, Schön ist die Welt, Clivia sowie Eine Nacht in Venedig in der Bearbeitung von Erich Wolfgang Korngold.