Konrad Junghaenel prägt als Lautenist, Dirigent und Lehrer das klassische Repertoire von Monteverdi bis Mozart. Lebendiges Musizieren und Ausdruckstiefe statt glatter Oberfläche machen seine historisch informierten Interpretationen zu modernen Klassikern. Viele seiner über 35 CD-Einspielungen sind preisgekrönt.
Er arbeitete mit René Jacobs und Ensembles wie Les Arts Florissants und Musica Antiqua Köln zusammen. 1987 gründete er das Vokalensemble Cantus Cölln, das unter seiner Leitung international erfolgreich konzertiert. Seit 1994 ist er Professor an der Musikhochschule Köln.
Konrad Junghaenel ist ein gefragter Operndirigent im In- und Ausland, u. a. in Berlin, Düsseldorf, Köln, Graz und bei den Wiener Festwochen. In Wiesbaden arbeitet er seit 2014 u. a. an einem Zyklus mit allen großen Mozart-Opern. Nach Die Hochzeit des Figaro, Die Entführung aus dem Serail, Così fan tutte, Die Zauberflöte und Don Giovanni folgte in der Spielzeit 2018/2019 das Mozart-Doppelprojekt mit Idomeneo und Titus. Außerdem leitete Konrad Junghaenel musikalisch Glucks Orpheus und Eurydike, Händels Alcina und Jephtha und präsentierte im Sinfoniekonzert ein Barockprogramm mit dem Hessischen Staatsorchester.
In der Spielzeit 2023/24 übernimmt er die Musikalische Leitung bei Der Bürger als Edelmann.