Marko Japelj ist freier Bühnenbildner und gestaltete bereits über dreihundert Produktionen in Slowenien und international. Er studierte Architektur in Ljubljana und entwarf sein erstes Bühnenbild für Hedda Gabler noch während seines Studiums an der Akademie für Theater und Film in Ljubljana. Sein Debüt als Bühnenbildner gab er 1987 mit Tschechows „Drei Schwestern“ am Nationaltheater Maribor.
Von 1995 bis 1997 war Marko Japelj Gastprofessor und Leiter der Abteilung für Bühnen- und Filmgestaltung an der Universität für angewandte Kunst Wien.
Für Schauspiel, Oper, Ballett und modernen Tanz entwarf Marko Japelj Bühnenbilder an den Nationaltheatern in Slowenien, von Zagreb und Rijeka, Belgrad und Podgorica, der Oper Bukarest, dem Slowakischen Nationaltheater, dem Nationaltheater Brünn, der Oper Zürich, dem Aalto-Musiktheater Essen und der Oper Basel. Für Ballettproduktionen gestaltete er Räume u. a. an den Theatern Darmstadt, Wiesbaden, Augsburg, Dortmund, Stuttgart, der Oper Leipzig, dem Opera Ballet Vlaanderen, der Lettischen Nationaloper, dem NDT 1 in Den Haag, der Opéra-Théâtre de Metz, dem West Australian Ballet, Les Grands Ballets Canadienne Montreal, NOVAT Novosibirsk, der Wiener Staatsoper, dem Bolshoi Theater und dem Birmingham Royal Ballet. Für sein Schaffen wurde er u. a. bei den Festivals von Borštnik, MES Sarajevo, Rijeka und dem Crossroads Festival ausgezeichnet.
Mit dem Regisseur Janusz Kica verbindet Marko Japelj eine lange Arbeitsbeziehung (La Boheme, Traviata, Manon Lescaut, I vespri siciliani).
An der Oper Graz arbeiten sie in der Spielzeit 2023/24 bei Anton Foersters Die Nachtigall von Gorenjska erneut zusammen.